在最早期的牧民繁殖者眼中，并不认为记录一个犬种的繁殖过程和发展过程是一项非常重要的并具有历史意义的工作。所以，最早期苏格兰牧羊犬繁殖中准确的关于基因的记录并没有被保存下来，这也就造成了现在人们对于其起源的说法争论不休的局面。
玛格丽特·奥斯伯尼在她的书中提到当今流行的苏格兰牧羊犬是在1957年才露面的。并且，当时没有人知道它们的血统里究竟混合了哪些犬种的基因。起初牧民们选择当时的“苏牧”进行工作，是看中了它们的领导能力。后来由于人们不断教授其“牧羊”的本领，才使它们誉满整个苏格兰高地，最终在苏格兰和英国北部开始了其漫长的进化过程。
那么苏格兰牧羊犬的血液里到底糅杂了多少个犬种的基因呢?由于早期牧民们将其随意杂交，有些犬种的基因已经无据可考了。有史可考的是，爱尔兰雪达犬曾被用来尝试繁殖出足够的黑色基因，戈登雪达犬被用来尝试繁殖出足够的棕褐色基因，俄罗斯猎狼犬被用来尝试繁殖增长头部比例。
最终结果证明，与爱尔兰雪达犬的杂交繁殖取得了成功。但在早期的繁殖标准中的“雪达红的毛色是失格的”，但这个标准很快就被繁殖者们所取消。因为他们知道，如果要避免这个颜色的基因，除非把已经成功融合的雪达犬的基因完全剔除。俄罗斯猎狼犬的基因也有所体现，但却未达到预期的繁殖效果。经过繁殖者们不遗余力的钻研和几个世纪的基因沉淀，苏格兰牧羊犬的血系逐渐冲淡了其他犬种的因素，拥有了较为稳定的、自主的遗传基因。但是，由于繁殖技巧问题，有一些不良的因素仍然保留了下来。
到了19世纪，英国第一卷良种犬登记簿上一共记录了78条苏格兰牧羊犬。但是比较简略，其中只有15只记录了相关详细血统，并有3只犬追溯到了上三代的血统。